Zu Beginn der Erzählung wird in einer Rückblende vom Ende der Schreckensherrschaft des Schwarzmagiers Lord Voldemort berichtet, unter der die magische Gemeinschaft jahrelang gelitten hat. Voldemort gelingt es, das Versteck von James und Lily Potter aufzuspüren und sie zu ermorden. Beim Versuch, auch ihren 15 Monate alten Sohn Harry zu töten, fällt der Todesfluch von Harry auf ihn selbst zurück und vernichtet Lord Voldemorts Körper. Der Junge ist die einzige bekannte Person, die diesen Fluch überlebt hat. Er trägt nur eine blitzförmige Narbe auf der Stirn davon.

Harry wird nach dem Tod seiner Eltern in die Fürsorge seiner nichtmagischen Tante Petunia, Lilys Schwester, und ihres Mannes Vernon Dursley übergeben. Die Dursleys stehen der magischen Welt ablehnend gegenüber, behandeln Harry sehr schlecht und versuchen, die Entwicklung seiner magischen Fähigkeiten zu verhindern. An Harrys elftem Geburtstag wird ihm von Rubeus Hagrid, dem Wildhüter und Schlüsselbewahrer der Zauberschule Hogwarts, die Einladung in das Internat überbracht. Erst jetzt erfährt er etwas über seine Herkunft, die Existenz der geheimen magischen Parallelwelt und seine eigenen Fähigkeiten als Zauberer.

Die Handlung der Bände 1 bis 6 spielt sich vor allem in Hogwarts ab, das zum Lebensmittelpunkt Harrys und seiner neuen Freunde Ron Weasley und Hermine Granger wird. Jeder Band behandelt die Ereignisse eines Schuljahres. Jedes Jahr lernt Harry, und mit ihm der Leser, neue Orte und Personen auch außerhalb von Hogwarts kennen, der Horizont der Erzählung wird weiter, die Handlungsstränge werden komplexer und vielfach miteinander verwoben.

Der Leser verfolgt aus Harrys Perspektive dessen Entwicklung vom Elfjährigen, der die magische Welt kennenlernt, bis zum fast erwachsenen Teenager. Harry erlebt zum ersten Mal bewusst familienähnliche Geborgenheit in seinem Haus Gryffindor, in das er am ersten Tag in Hogwarts einsortiert wird. Er findet in Hogwarts enge Freunde und in Schuldirektor Albus Dumbledore einen Mentor. Der flüchtige „Gefangene von Askaban“ in Band 3 entpuppt sich als Harrys Pate Sirius Black und wird zur wichtigsten Bezugsperson außerhalb von Hogwarts. Mit dem Lehrer Severus Snape verbindet ihn gegenseitiger Hass wie auch mit seinem Mitschüler Draco Malfoy aus dem traditionell rivalisierenden Haus Slytherin.

Als zentrales Thema der Geschichte kristallisiert sich immer mehr Harrys Auseinandersetzung mit Lord Voldemort heraus, der nach dem Angriff auf Harry als geistähnliches Wesen weiterexistiert und versucht, seinen Körper wiederzuerlangen. Zweimal kann Harry dies verhindern. In Band 1 vereitelt er Voldemorts Plan, den „Stein der Weisen“ zu stehlen. In Band 2 vernichtet er ein magisches Abbild des 16 Jahre alten Voldemort, das in einem Tagebuch verborgen war.

In Band 4 muss Harry machtlos mit ansehen, wie Voldemort einen neuen Körper erhält und beginnt, seine Gefolgsleute wieder um sich zu versammeln. Nachdem Harry in der Folge zwei weiteren Mordversuchen Voldemorts entkommt, erlangt er in Band 5 Kenntnis von einer Prophezeiung über dessen Untergang. Sie ist der Grund, warum Voldemort ihn als Baby töten wollte und es weiterhin versucht, denn Voldemort hat Harry ihrem Wortlaut zufolge als denjenigen identifiziert, der als Einziger seine Macht brechen kann.

In Band 6 stellt sich heraus, dass Voldemort Teile seiner Seele in Form von Horkruxen gesichert hat, um auf diese Weise Unsterblichkeit zu erlangen. Mehrere Konflikte eskalieren und bereiten das Finale im abschließenden Buch vor. In der Schlüsselszene scheitert Draco Malfoy bei seinem Versuch, Albus Dumbledore zu töten – Severus Snape übernimmt diese Aufgabe und flieht anschließend zusammen mit Draco.

Im siebten und letzten Band brechen Harry, Hermine und Ron auf, die verbliebenen Horkruxe zu finden und zu zerstören. Weil Voldemort zwischenzeitlich das Zaubereiministerium unter seinen Einfluss gebracht hat und das ganze Land kontrolliert, entkommen sie während ihrer phasenweise ziellosen Suche mehrfach nur knapp dem Tod. Während der Schlacht von Hogwarts erfährt Harry, dass auch er selbst sterben müsse, weil er einen Teil der Seele Voldemorts in sich trage. Er ergibt sich diesem Schicksal und stellt sich dem dunklen Lord unbewaffnet, überlebt jedoch erneut den Todesfluch, während Voldemorts Seelenfragment in ihm vernichtet wird. Als dieser Hogwarts Verteidigern den Körper des totgeglaubten Harry präsentiert, findet seine Schlange Nagini den Tod, die der siebte und letzte Horkrux war. Aus dem folgenden, entscheidenden Duell geht Harry als Sieger hervor, da Voldemort durch seinen eigenen, reflektierten Todesfluch stirbt, und die Prophezeiung findet so ihre Erfüllung.

Den Abschluss des letzten Bandes bildet ein Kapitel, das einen Blick 19 Jahre in die Zukunft wirft: Sowohl Harry und Ginny als auch Ron und Hermine haben geheiratet und ihre Kinder gehen gemeinsam nach Hogwarts.